Nie odnaleziono urządzenia, które mogłoby poruszać krzyżem. Funkcjonariusze i inne osoby oglądające ołtarz nie stwierdziły śladów linek ani mocowania mechanizmu. Przyczyna ruchu przedmiotu nie została ustalona, a Kościół katolicki nie wydał formalnego orzeczenia uznającego wydarzenie za cud o charakterze nadprzyrodzonym.
Aresztowanie i śledztwo Wieczorem 28 stycznia 1950 roku Toufar został zatrzymany na plebanii przez funkcjonariuszy StB i przewieziony do więzienia w Valdicach, działającego w dawnym klasztorze kartuzów pod kryptonimem „Stará Ves”. Otrzymał numer więzienny 8016. Śledztwo prowadziła specjalna grupa instruktażowa StB kierowana przez Ladislava Máchę.
Celem śledczych było uzyskanie przyznania się, że Toufar skonstruował mechanizm z linek, gum i sprężyn, za pomocą którego poruszał krzyżem z ambony. Zeznanie miało posłużyć w przygotowywanym procesie pokazowym przeciwko przedstawicielom Kościoła. Kapłan zaprzeczał, aby wiedział o ruchu krzyża przed poinformowaniem go przez parafian lub instalował jakiekolwiek urządzenie.