W 1935 przeszedł na emeryturę i został mianowany profesorem honorowym Akademii Górniczej.
Piastował stanowisko (pierwszego) przewodniczącego Polskiego Towarzystwa Geologicznego, Polskiego Towarzystwa Geograficznego, wiceprezesa Societé Géologique de France, był członkiem zwyczajnym Polskiej Akademii Umiejętności, Akademii Nauk Technicznych, Towarzystwa Naukowego Warszawskiego.
14 kwietnia 1938 został powołany na stanowisko dyrektora Państwowego Instytutu Geologicznego i pozostał nim do śmierci w dniu 5 czerwca 1947.
Materiały archiwalne Karola Bohdanowicza znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-4Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2023-12-06]..
Pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera Aleja Zasłużonych-1-28). Na jego grobowcu widnieje mylnie przyjęta data urodzenia „1863” zamiast „1864”.
Był dwukrotnie żonaty. Pierwszą żoną była Pelagia Rozanow (zm. 1911).