1 lutego 1831 wzywał duchowieństwo diecezji krakowskiej do modlitw w intencji powstania.
13 maja 1831 władze powstańcze powołały biskupa Skórkowskiego na stanowisko senatora.
W lipcu 1831 udzielił schronienia w pałacu biskupim gen. Janowi Skrzyneckiemu. Po zajęciu Krakowa przez wojska rosyjskie 4 października 1831 na jeden miesiąc biskup znalazł się w areszcie domowym bez prawa opuszczania pałacu. 15 lipca 1833 car Mikołaj I zabronił biskupowi sprawowania jurysdykcji kościelnej na terenie diecezji krakowskiej włączonej do Królestwa Polskiego. Równocześnie w Stolicy Apostolskiej Austria naciskana dyplomatycznie przez Rosję rozpoczęła starania o całkowite odsunięcie biskupa od władzy w Krakowie. 30 maja 1835 papież Grzegorz XVI polecił biskupowi Skórkowskiemu usunąć się z Krakowa, z zachowaniem jednak tytułu i jurysdykcji biskupa krakowskiego.
Wygnanie i zgon w Opawie mały|Tablica pamiątkowa w kościele OO. Franciszkanów w Opawie 2 lipca 1835 posłuszny poleceniu papieskiemu biskup udał się na wygnanie, z którego do Krakowa już nie powrócił. Zamieszkał w klasztorze franciszkańskim w Opawie. Na wygnaniu bacznie obserwował wydarzenia w Krakowie, a z kolejnymi administratorami prowadził ożywioną korespondencję.