Puszcza Augustowska w podziale Alojzego Wosia (1993) leży w regionie XII – Mazursko-Podlaskim.
Teren puszczy podzielony jest między sześć nadleśnictw, podlegających pod Regionalną Dyrekcję Lasów Państwowych w Białymstoku oraz Wigierski Park Narodowy.
Ukształtowanie terenu Rzeźba terenu, gleby i stosunki wodne na terenie Puszczy Augustowskiej ukształtował lądolód skandynawski głównie podczas ostatniego zlodowacenia (80–12 tys. lat temu).
Północno-zachodnia część puszczy, głównie wokół jeziora Wigry, zajmuje teren dobrze urzeźbiony, pagórkowaty lub falisty. Różnice wysokości na przestrzeni kilkudziesięciu metrów wynoszą zwykle 10–20 metrów, niekiedy przekraczają jednak 30 metrów. Tafla jeziora Wigry leży na wysokości 131,9 m n.p.m., większość lasów tej części puszczy leży na wysokości 140–160 m n.p.m., zaś najwyższe punkty znajdują się w okolicach Cimochowizny(182,8 m n.p.m.).
Największa część puszczy zajmuje sandrową Równinę Augustowską, która obniża się stopniowo od 170 m n.p.m. w okolicy Suwałk do 102 m n.p.m. na brzegu jeziora Szlamy.