Większość tej części puszczy leży na wysokości 120–140 m n.p.m.
Południowa część puszczy znajduje się częściowo w Kotlinie Biebrzy, gdzie występują pozostałości moren wcześniejszych faz zlodowacenia, sięgające 150 m n.p.m., zaś najniższe wzniesienia, mające około 110 m n.p.m., znajdują się przy brzegach Wołkuszanki i Netty. W tej części puszczy przeważają wysokości 120–130 m n.p.m.
Gleby Północno-zachodnia część puszczy, pokryta piaskami zwałowymi i glinami z licznymi jeziorami, ma bardziej urozmaiconą rzeźbę i żyźniejsze gleby. Południowa i środkowa część puszczy ma charakter równinny, pokryta jest piaskami sandrowymi i jałowymi glebami bielicowymi. W tej części puszczy spotykane są też gleby torfowe. W trakcie kolonizacji, począwszy od wieku XV–XVI, wylesiane były obszary głównie o najżyźniejszych glebach, dlatego puszcza zachowała się głównie na piaskach sandrowych, nieprzydatnych dla rolnictwa.
W puszczy istnieją cztery glebowe powierzchnie wzorcowe, utworzone na podstawie zarządzenia dyrektora Lasów Państwowych z 1975.