Klimat Obszar polskiej części Pojezierza Litewskiego, na którym położona jest Puszcza Augustowska, należy do najchłodniejszych regionów nizinnej Polski. Charakterystyka klimatu regionu oparta jest na pomiarach stacji meteorologicznych w Suwałkach i Sejnach (znajdujących się poza terenem Puszczy Augustowskiej, ale w bliskim jej sąsiedztwie), brak natomiast punktów pomiarowych na północy i południu regionu.
Z powodu oddalenia regionu od Atlantyku i Bałtyku dominują tu masy powietrza polarnego pochodzenia kontynentalnego oraz polarnomorskie stare, które zimą oddziaływają ochładzająco, zaś latem ocieplająco. Większy wpływ na wysokość rocznej amplitudy temperatury powietrza mają stosunkowo dłuższe i mroźniejsze zimy niż cieplejsze lata. Pojezierze Litewskie wyróżnia się też największym zachmurzeniem w Polsce.