We wszystkich grach z jego udziałem w 1998 roku, reprezentacja młodzieżowa Włoch nie przegrała żadnego spotkania, remisując zaledwie jedno.
Reprezentacja seniorska – debiut W lutym 1999 roku Dino Zoff, ówczesny selekcjoner Włoch, powołał 22-letniego Gianlukę do pierwszej reprezentacji na towarzyskie spotkanie z Norwegami. Tym samym stał się pierwszym od pięćdziesięciu lat reprezentantem Włoch z klubu Bari. W sezonie 1998/1999 Zambrotta zagrał dla Bari trzydzieści dwa razy i strzelił cztery bramki.
Euro 2000 Swoimi występami Gianluca przekonał Dino Zoffa do zabrania go na mistrzostwa Europy w Belgii i Holandii. Reprezentacja Włoch wygrała grupę, a Zambrotta zagrał w dwóch pierwszych meczach. Potem pojawił się w podstawowej jedenastce z powrotem w ćwierćfinale i pomógł Włochom w zwycięstwie 2:0 nad Rumunami. W półfinale z Holendrami Zambrotta ujrzał 2 żółte kartki już po trzydziestu czterech minutach meczu. Następnie Francesco Toldo obronił cztery jedenastki w serii rzutów karnych i Włosi awansowali do finału, gdzie czekali Francuzi. Pod nieobecność Gianluki Włosi przegrali 2-1 po złotym golu Davida Trezegueta.