Patronat nad sztuką i edukacja Jan III kontynuował zapoczątkowany przez jego ojca mecenat królewski nad sztuką. Utrzymywał on uczonych i nauczycieli, gromadził książki i manuskrypty oraz przyznawał urzędy i pensje pisarzom i autorom. Działania króla przyczyniły się do dalszego rozkwitu portugalskiego renesansu na początku jego rządów.
Jan III początkowo wspierał edukację, m.in. ufundował 50 stypendiów na studia w w Paryżu. W 1547 roku założył w Coimbrze, wzorowane na francuskim Collège Royale – , na którym wykładali portugalscy i zagraniczni uczeni. Od początku XVI wieku liczba szkół uczących pisania i czytania dynamicznie rosła. Nauczano łaciny oraz niekiedy greki i hebrajskiego, a około 1550 roku w samej Lizbonie prawie 8000 dzieci uczyło się czytać i pisać w języku portugalskim. Za panowania Jana III przeniesiono uniwersytet z Lizbony do Coimbry. Ten ruch był spowodowany brakiem chęci reformy ze strony uniwersytetu.