W latach 1994–1998 był dyrektorem Teatru Muzycznego Roma, w którym w marcu 1998 zadebiutował jako reżyser spektaklem Madama Butterfly.
W grudniu 1995 otrzymał Order Uśmiechu, a w 1997 – Super-Wiktora za całokształt twórczości telewizyjnej. W wyniku plebiscytu Koniec wieku tygodnika „Polityka” został zaliczony do grona dziesięciu największych osobowości telewizyjnych XX stuleciaWarszawa. Bogusław Kaczyński kończy 65 lat – e-teatr.pl.. W 2001 poprowadził galę rozdania nagród na festiwalu wideoklipów Yach Film w Gdyni. Jesienią 2002 podczas gali z okazji 50-lecia TVP otrzymał statuetkę i tytuł „Gwiazda Telewizji Polskiej”. W 2004 podczas Festiwalu im. Jana Kiepury w Krynicy otrzymał tytuł Generała Kultury Polskiej od kierownictwa Reprezentacyjnego Zespołu Artystycznego Wojska Polskiego. W tym samym roku wystąpił w telewizyjnej reklamie bezprzewodowych telefonów marki Panasonic. W 2005 współprowadził (z Kubą Wojewódzkim) koncert „Trendy” podczas festiwalu TOPtrendy 2005 w Sopocie. W 2006 zdobył tytuł Mistrza Mowy Polskiej, był jednym z jurorów programu TVP2 Supertalent i zagrał epizodyczną rolę w 29. odcinku serialu TVN Niania. Wydał autorską serię płytową pt. Bogusław Kaczyński – Złota kolekcja.