Później Skwierzynę, Międzyrzecz i Santok zajęli Pomorzanie, ale w roku 1100 wyparł ich stamtąd książę Bolesław Krzywousty.
XIII wiek Janikowski, kronikarz skwierzyński z XVIII wieku, twierdził, jakoby miasto w Skwierzynie lokował już w 1208 roku książę pomorski Świętopełk, w świetle badań historycznych informacja ta jednak okazała się fałszywa. W późniejszych latach ziemia skwierzyńska znalazła się we władaniu księcia Władysława Odonica – w latach 1231–1233, który m.in. sprowadził tam cystersów. W 1234 roku natomiast ziemie te przeszły pod władanie księcia śląskiego Henryka I Brodatego.
Nie przetrwał żaden dokument zawierający datę lokowania w Skwierzynie miasta. W dokumencie z 1312 roku zachowała się jedynie informacja o wytyczeniu przez księcia wielkopolskiego Przemysła II granicy między miastem Skwierzyna a wsią Popowo. Można więc przyjąć, że prawa miejskie Skwierzyna posiadała już przed śmiercią władcy w 1296 r. Ponieważ jednak w II poł. XIII w. intensywnie ścierały się tu wpływy wielkopolskie, śląskie, brandenburskie, a także pomorskie, nie sposób jednoznacznie stwierdzić, czy lokacji dokonano istotnie z inicjatywy książąt wielkopolskich.