Szczególny rozkwit nastąpił podczas panowania Mutesy I (1860-84). Monarcha ten przyjął islam i nawiązywał kontakty z innymi państwami (w tym z Egiptem i Zanzibarem), a także z przybyszami z Europy (głównie Brytyjczycy).
Od połowy XIX wieku zaczęli pojawiać się misjonarze. W 1888 roku rozpoczęła działalność Brytyjska Kompania Wschodnioafrykańska. W 1894 roku kompania objęła Bugandę protektoratem. Do 1909 roku obszar całego kraju objęto protektoratem a wyznaczone granice objęły wiele różnych grup językowych i kulturowych (co rzutowało i rzutuje na przemiany w Ugandzie po uzyskaniu pełnej niepodległości). Na początku XX wieku do kraju licznie przybywali Hindusi, którzy stali się gospodarczą i finansową elitą kraju. W trakcie II wojny światowej Ugandyjczycy walczyli w szeregach armii brytyjskiej.
W 1945 roku w radzie prawodawczej po raz pierwszy zasiedli Afrykanie. Po zakończeniu II wojny światowej zaczęły powstawać pierwsze afrykańskie organizacje polityczne. Zdelegalizowano je w 1949 roku za działalność antykolonialną. W 1952 roku utworzony został niepodległościowy Narodowy Kongres Ugandy, w 1955 prawicowa Partia Demokratyczna, a w 1958 Narodowy Związek Ugandy.