W 1960 Narodowy Kongres Ugandy uległ przekształceniu w Ludowy Kongres Ugandy (UPC), który przyjął doktrynę lewicową.
9 października 1962 proklamowano niepodległość, a rok później ogłoszono kraj republiką. Pierwszym prezydentem kraju został Edward Mutesa, a premierem Milton Obote z UPC. Uganda początkowo była państwem federalnym, co zmieniło się w 1966 roku, gdy Obote odsunął od władzy Mutesę i zlikwidował system federalny. W 1969 roku Obote wprowadził rządy jednopartyjne oraz zapowiedział nacjonalizację przemysłu i handlu.
W 1971 roku rządy Obote zlikwidował drogą zamachu stanu samozwańczy generał Idi Amin. Obalony Obote schronił się w sąsiedniej Tanzanii. Rządy Amina szybko przerodziły się w brutalną dyktaturę. W wyniku działań dyktatora życie straciło około 300 tysięcy Ugandyjczyków. Polityka wojskowego reżimu była zmienna i pełna sprzeczności. Początkowo Amin pozostawał w przyjaznych relacjach z Wielką Brytanią, Izraelem i RPA, po czym uznał te kraje za największych przeciwników Ugandy, a za sojuszników obrał kraje arabskie. W 1972 roku wysiedlił wszystkich Hindusów, co przyczyniło się do załamania handlu. Rządy Amina doprowadziły do coraz większego chaosu i kryzysu gospodarczego. Sytuacji nie polepszały liczne konflikty z sąsiadami podsycane przez nacjonalistyczną retorykę rządu. W 1979 wybuchła wojna domowa.