Wkrótce powróciła do Bari, zabrawszy ze sobą syna Alfonsa i Lukrecji, księcia Bisceglie Rodriga zwanego Książątkiem, którego oddano jej na wychowanie. Księżna utrzymywała przyjazne stosunki z matką swego bratanka, która wysyłała Izabeli liczne podarunki. Po objęciu Bari księżna zajęła się sprawami administracyjnymi i walką o utracony majątek. Na dworze księżnej przebywali liczni poeci i artyści epoki renesansu. Księżna zadbała o wykształcenie jedynej córki, której wychowaniem kierowali Christostom Colonna i Antonio Galateo. Popierała rozwój szkolnictwa, muzyki i literatury w księstwie. W 1506 gościła na swoim dworze swojego kuzyna Alfonsa I d’Este, trzeciego męża Lukrecji Borgii. W 1513 złożyła do rady miejskiej Bari wniosek o podniesienie nauczycielom szkół publicznych pensji oraz zwolnienie ich od podatków.