Uroczyste otwarcie areny igrzysk miało miejsce 5 kwietnia 1896, dzień przed inauguracją olimpiady.
thumb|left|Dimitrios Wikielas, pierwszy prezydent MKOl.
Pierwszą regułą wprowadzoną przez MKOl w 1894 roku, było dopuszczenie do zawodów tylko sportowców-amatorów (z wyjątkiem szermierki). Początkowo zasady nie były jednolite, więc Komitet Organizacyjny odnosił się do istniejących przepisów powstałych we wcześniejszym okresie w związkach sportowych innych państw. Sędzią honorowym był książę Jerzy, którego autorytet według Coubertina miał mieć wpływ na właściwe podejmowanie decyzji przez sędziów.
Stadion Panathinaiko został wzniesiony ok. 330 p.n.e.. Jego odbudową kierował Grek Anastasios Metaksas (późniejszy medalista olimpijski). Stadion został zbudowany na planie podkowy, a jego trybuny niemal całkowicie pokryto marmurem. Bieżnię charakteryzowały ostre wiraże utrudniające bieganie.
Na stadionie miały odbywać się zawody w lekkoatletyce, gimnastyce, zapasach oraz podnoszeniu ciężarów. Zawody strzeleckie rozegrano na nowej strzelnicy w Kalithei, kolarskie – na Neon Phalerom Velodrome, szermiercze – w hali wystawowej Zappeion.