Coubertin utworzył w takiej sytuacji komitet organizacyjny, który w grudniu 1894 przybył do Grecji, aby rozwiązać problemy związane z wycofaniem się pierwotnych organizatorów. 7 stycznia 1895 Wikielas ogłosił, iż książę Konstantyn zostanie przewodniczącym komitetu organizacyjnego, a jego intencją było znalezienie funduszy na organizację igrzysk. Szybko jednak również w komitecie zapanował pesymizm, doszło do wewnętrznych konfliktów, które zakończyły się dymisjami części członków. Wówczas Wikielas i książę Konstantyn utworzyli Grecki Komitet Olimpijski, pierwszy w historii krajowy (narodowy) komitet olimpijski. Jego pierwszym zadaniem była zbiórka darów. Na wezwanie komitetu odpowiedziała grecka diaspora, przesyłając do Grecji łącznie 330 tys. drachm. Kolejne 400 tys. drachm zebrano w 1896 z dochodów z emisji specjalnej serii znaczków, zaś 200 tys. – ze sprzedaży biletów na zawody. Inwestycję wsparli również grecka rodzina królewska oraz biznesmen Jeorjos Awerof (na prośbę księcia), który samodzielnie sfinansował odbudowę Stadionu Panateńskiego, którego koszt renowacji wyniósł 920 tys. drachm. Wkład Awerofa umożliwił organizatorom osiągnięcie równowagi finansowej, za co został on uhonorowany pomnikiem przed stadionem.