W Pucharze Chorwacji przegrali w finale na Poljudzie z Hajdukiem Split najpierw 2:0 po dwóch golach Juricy Vučko. Warto zauważyć, że pierwszy mecz został zakończony w 86 minucie po rzuceniu na boisko przez fanów „Modrich” kanistrów napełnionych gazem. W rewanżu na Maksimirze wygrali 1:0 po bramce zdobytej przez Igora Cvitanovicia w 90 minucie. Pilipović pojawił się na boisku 19 razy, ale nie udało mu się celnie trafić do siatki ani razu. Sezon 2000/2001 był po raz kolejny bardzo udany dla Dinama, który wywalczył mistrzostwo Chorwacji oraz Puchar Chorwacji, gdzie kolejny wyeliminowali Mladost Molve (po wygranej aż 9:0), HNK Šibenik, NK Kamen Ingrad (po wygranej 3:0 na wyjeździe i 4:2 u siebie) i w półfinale z lokalnym rywalem, NK Zagreb (po przegranej na stadionie „Pjesnicich” 0:1 i zwycięstwie u siebie 4:1) i zwycięstwie w finale nad Hajdukiem Split. Na Poljudzie Dinamo wygrało 2:0 po golach Tomislava Šokoty w 40 i Mihaela Mikicia w 57 minucie. W rewanżu na stadionie narodowym Maksimir Dinamo triumfowało 1:0, a zwycięską bramkę strzelił właśnie Renato Pilipović w 16 minucie. Nie udało się jednak awansować do Ligi Mistrzów, gdzie w trzeciej rundzie odpadli po porażkach 1:3 na San Siro i 0:3 u siebie z włoskim A.C. Milan.