Po deklaracji niepodległości Ukrainy w dn. 30 czerwca 1941 r. i utworzeniu rządu ukraińskiego z premierem Jarosławem Stećką we Lwowie został wicepremierem – zastępcą Stećki, a po jego aresztowaniu – pełniącym obowiązki premiera.
Cały skład rządu został aresztowany przez Niemców. Podczas ostatecznych rozmów prowadzonych we wrześniu 1941 r. w Berlinie w gmachu byłej ambasady polskiej zarówno Stepan Bandera, jak i Jarosław Stećko odmówili odwołania deklaracji niepodległości Ukrainy. W konsekwencji zostali przewiezieni do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen (oddział dla więźniów specjalnych tzw. Zellenbau, gdzie przebywali również m.in. Stefan Rowecki, kanclerz Austrii Kurt Schuschnigg i premier Francji Edouard Daladier). Cały kierowniczy aktyw OUN(b) został również aresztowany. Łwa Rebeta osadzono w więzieniu we Lwowie, później w Krakowie, następnie wysłany został do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau (nr oboz. 57368, przybył 8 sierpnia 1942). Przebywał tam do 19 grudnia 1944 roku, gdy przywódcy OUN(b) zostali uwolnieni w związku z organizowaniem przez Niemców Ukraińskiej Armii Narodowej.