Pożar zniszczył dachy kościoła i hełm wieży, częściowo spłonęły też zabudowania klasztoru.
Prace przy odbudowie rozpoczęto szybko, staraniem ówczesnego proboszcza, ks. Antoniego Kuryłowicza i parafian już w r. 1944 były gotowa nowa więźba i wszystkie dachy.
17 VIII 1990 władze Grodna zwróciły Kościołowi klasztor pobernardyński, w którego murach od 1 IX tegoż roku oficjalnie rozpoczęło działalność Wyższe Seminarium Duchowne, założone przez ks. bpa Tadeusza Kondrusiewicza. W latach 1990-1992, staraniem pierwszego prokuratora Seminarium, ks. Wincentego Lisowskiego i jego następcy ks. Andrzeja Sadowskiego, dokonano generalnego remontu budynku, z dostosowaniem go do nowej funkcji.
Architektura Bryła świątyni powstała w kilku fazach, toteż nosi znamiona różnych epok stylowych. Najstarszą reprezentuje prezbiterium, które jest częścią pierwszego kościoła, zbudowanego w latach 1595-1600, prawdopodobnie według kanonu wytyczonego przez grodzieńską farę p.w. Wniebowzięcia Najśw. Marii Panny, wzniesioną 1584-1587.