Jak-9M Wersja Jak-9M odpowiadała w zasadzie wersji myśliwskiej Jak-9D, lecz różniła się kabiną przesuniętą o 40 cm do tyłu, podobnie jak w wersji Jak-9T. Zmiana ta była wprowadzona w celu większej unifikacji wersji, ułatwiającej produkcję modelu 9M lub 9T w zależności od potrzeb. Uzbrojenie stanowiło działko 20 mm i wkm, napęd początkowo stanowił ten sam silnik WK-105PF. Wprowadzono ponadto dalsze drobne ulepszenia, w tym wzmocniono poszycie skrzydeł, oraz poprawiono właściwości aerodynamiczne między innymi przez schowanie kółka ogonowego, zamontowano osłonę rury wydechowej. Wersję tę skierowano do produkcji w maju 1944 i do czerwca 1945 w zakładzie nr 153 zbudowano 4239 samolotów, przez co była to najliczniejsza odmiana Jaka-9.
Od października 1944, w związku ze zwiększeniem produkcji silników, do napędu tej wersji stosowano mocniejszy silnik WK-105PF2, używany wcześniej jedynie do napędu Jaka-3. Część samolotów Jak-9M (do jednej dziesiątej produkcji) ukończono w wariancie przystosowanym dla celów wojsk obrony powietrznej (PWO). Wyposażono je m.in. w radiopółkompas RPK-10. Ich osiągi były nieco lepsze, niż myśliwców frontowych, dzięki zmniejszeniu zapasu paliwa.