Zazwyczaj Jaki-9K działały wspólnie z Jakami-1 i Jak-7, które osłaniały je przed atakami wrogich myśliwców. Ponieważ jednak działko nie było do końca dopracowane, produkcji nie kontynuowano.
Jak-9R Jak-9R produkowano w wersjach rozpoznawczych krótkiego i dalekiego zasięgu, które różniły się od siebie wyposażeniem fotograficznym, uzbrojeniem oraz zapasem paliwa.
Jesienią 1943 przebudowano myśliwiec Jak-9 na wariant rozpoznawczy Jak-9R, przez instalację aparatu fotograficznego AFA-1M lub AFA-3S/50 w przedziale za kabiną pilota. Przechodził on badania od września do października 1943, zakończone pomyślnie. Samoloty Jak-9 przebudowywano na Jak-9R w warsztatach poszczególnych jednostek, w związku z czym liczba przebudowanych samolotów nie jest znana.
Drugą wersję Jaka-9R jako samolotu rozpoznawczego dalekiego zasięgu opracowano na bazie Jaka-9D. Miał on 4 zbiorniki paliwa o pojemności 584 l. Uzbrojenie stanowiło jedno działko 20 mm. Do sierpnia 1943 zbudowano 35 samolotów tej wersji w zakładzie nr 166 w Omsku.