Równolegle ważną rolę odgrywały produkcje Marshalla Jeffersona, który do house’u wnosił bardziej rozbudowaną muzykalność, a także brzmienia inspirowane new age, jazzem i soulem. Wczesny deep house nie był jeszcze sztywno zdefiniowanym „pakietem cech”, lecz raczej kierunkiem rozwoju w obrębie house’u – bardziej emocjonalnym i harmonicznym niż jego najbardziej surowe warianty.
Lata 90. W latach 90. deep house rozwinął się i częściowo usamodzielnił jako odrębna estetyka klubowa. Szczególne znaczenie mieli wtedy m.in. Chez Damier, Ron Trent, Kerri Chandler, Moodymann, Theo Parrish, Derrick Carter i bracia Burrell. Produkcje tego okresu często były dłuższe, bardziej przestrzenne i jeszcze silniej związane z groove’em oraz „otwartą” narracją utworu.
W tym samym czasie deep house zaczął wchodzić w relacje z innymi nurtami house’u – zwłaszcza z garage house’em, soulful house’em, nowojorską tradycją klubową i sceną Detroit. W efekcie granice gatunku stały się płynne: część nagrań łączyła elementy deep house’u z garage house, soulful house czy afro-house’em, a o klasyfikacji decydował często ogólny charakter nagrania, a nie jedna ściśle zdefiniowana cecha formalna.