Temperatura wody w jeziorach jest silnie skorelowana z ich wzniesieniem ponad poziom morza. Najcieplejsze jest jezioro Mahoma, w którym zmierzono 13,5 °C przy powierzchni oraz 12,5 °C przy dnie. Dla większości zbadanych jezior temperatury wód wynosiły 5,5–9,1 °C przy powierzchni oraz 4,8–7,5 °C przy dnie. W Lac Blanc zanotowano zaledwie 1 °C. Przezroczystość wody, mierzona krążkiem Secchiego, jest niezbyt duża i zawiera się w przedziale od 0,6 do 2,8 m. Pod względem trofizmu jeziora w Ruwenzori zaliczane są do oligotroficznych (niektóre – ultraoligotroficznych) lub mezotroficznych.
Zlodowacenia plejstoceńskie thumb|Jezioro Bugata i szczyt Okuleba (4328 m); na dole po prawej wał moreny recesyjnej w kształcie jęzora, datowany na 11,2 tys. lat BP