W centralnej części gór Ruwenzori znajduje się około 50 jezior, przeważnie pochodzenia polodowcowego. Większość z nich położona jest powyżej 3700 m. Do największych należą jeziora Kanganyika (11,234 ha), Batoda (9,53 ha), Lac Vert (9,18 ha) Bujuku (7,873 ha) i Lac Noir (7,18 ha); najgłębszymi są Lac Vert (37 m), Mahoma (25,6 m) i Kanganyika (25 m). Wyjątkowym w skali regionalnej jest jezioro Mahoma, położone niżej niż pozostałe jeziora ruwenzorskie (2990 m) i będące jedynym jeziorem wytopiskowym (powstałym na skutek stopienia się bryły martwego lodu) w tropikalnej Afryce. Jezioro Bujuku powstało prawdopodobnie wskutek zatamowania dna doliny przez jęzor osuwiska. Większość stanowią jeziora morenowe, ograniczone morenami czołowymi odłożonymi w czasie ostatniego zlodowacenia, a niekiedy w czasie małej epoki lodowej. Zbiorniki wodne zlokalizowane powyżej 4200 m zajmują zagłębienia wyrzeźbione przez lodowiec w litej skale i odsłonięte po jego regresji, wiele z nich jest geologicznie bardzo młodych – istnieją dopiero od kilkudziesięciu lat lub nawet krócej. Niektóre, najwyżej położone i najmłodsze, nie znalazły jeszcze miejsca w literaturze i nie są zaznaczane na mapach.