Rzeki w Ruwenzori są na ogół krótkie, szybko płynące, o dużych spadkach i skalistych korytach; poniżej około 1200 m ich wody zwalniają, często rozlewając się po bagnistych obszarach dna doliny ryftowej. Głównymi rzekami są Nyamwamba, Mubuku i Ruimi, zasilające Jezioro Jerzego, Nyamugasani wpływająca do Jeziora Edwarda oraz Butawu i Lamya, będące dopływami rzeki Semliki. Spływ powierzchniowy ze wschodnich stoków gór dostarcza około 1 km³ wody rocznie do Jeziora Jerzego, co stanowi około 50% jego zasilania w wodę. Ze stoków zachodnich spływa rocznie do rzeki Semliki około 1,5 km³ wody. Rzeka Semliki pośrednio odwadnia również wschodnią część Ruwenzori, ponieważ wypływa ona z Jeziora Edwarda, a to zasilane jest m.in. poprzez naturalny kanał Kazinga wodami z Jeziora Jerzego.
Recesja i zanikanie lodowców nie mają istotnego wpływu na reżim wodny, gdyż zasilanie lodowcowe rzek stanowiło mniej niż 2% przepływu. Prawdopodobne jest jednak niewielkie zwiększenie amplitudy stanów wody, ponieważ część opadów była czasowo wiązana w lodowcach i uwalniana w trakcie pór suchych.