Administracja Garcíi próbowała walczyć z terroryzmem i partyzantką, jednak jej działania okazały się niewystarczające. Dodatkowo pod jej adresem wysuwano oskarżenia o łamanie praw człowieka.
Emigracja i powrót do polityki W 1992 udał się na emigrację do Kolumbii, a później do Francji. Głównym powodem opuszczenia kraju było wprowadzenie autorytarnych rządów w Peru przez nowego prezydenta Alberto Fujimoriego. Nowa administracja wszczęła przeciw niemu proces, w którym Garcia był oskarżony o przyjęcie milionów dolarów łapówki. Adwokatem Garcíi w Peru był wówczas Jorge del Castillo. Po ucieczce Fujimoriego do Japonii i po 9 latach spędzonych na emigracji, Alan García powrócił w 2001 r. do Peru„Exiled Garcia back in Peru”, BBC News, 28 stycznia 2001.. W styczniu 2001 r. Sąd Najwyższy oddalił wszelkie zarzuty korupcyjne przeciw Garcíi, przy rekomendacji Międzyamerykańskiego Trybunału Praw Człowieka„Peru court lifts Garcia corruption charge”, BBC News, 19 stycznia 2001.. García wziął wówczas udział w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze głosowania 8 kwietnia zajął drugie miejsce (25,8% głosów), za Alejandro Toledo (36,5%), a przed Lourdes Flores (24,3%)„Run-off to decide Peru president”, BBC News, 9 kwietnia 2001..