Przykłady SMILES Atomy w zapisie SMILES są reprezentowane przez standardowe symbole pierwiastków stosowane w układzie okresowym i wzorach sumarycznych. Symbole te są zapisywane w nawiasach kwadratowych. Np. [Au] to atom złota. Dla uproszczenia zapisu tzw. pierwiastki organiczne (B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, I) mogą być zapisywane bez kwadratowych nawiasów. Oprócz tego specyfikacja SMILES umożliwia uproszczony zapis najbardziej popularnych jonów i grup funkcyjnych. Np. anion hydroksylowy można zapisać jako [OH-]. Dla pierwiastków, które wolno zapisywać bez nawiasów kwadratowych pomija się atomy wodoru przyjmując, że należy je uzupełnić tak aby pierwiastek miał typową dla siebie w związkach organicznych wartościowość (jeżeli użyje się nawiasu, atomy wodoru nie są dodawane). Gdy między symbolami pierwiastków nie ma żadnych dodatkowych znaków oznacza to, że są one połączone pojedynczymi wiązaniami chemicznymi.
Np.: C – oznacza domyślnie metan (CH4) O – oznacza domyślnie wodę (H2O) CCO – oznacza domyślnie etanol (CH3CH2OH) CO – oznacza domyślnie metanol (CH3OH)
Wiązania podwójne oznacza się przy pomocy znaku „=”, zaś potrójne przy pomocy znaku „#”.