W czasach okupacji Kiekrz (leżący w Wielkopolsce) został wcielony do Rzeszy. „Kraj Warty” miał zostać zgermanizowany w ciągu 10 lat. Niemcy już jesienią 1939 roku rozpoczęli dewastację symboli religijnych. Z biegiem lat znikały kapliczki, figury i krzyże. Los ten spotkał również położoną w parku kapliczkę Niepokalanej. Prewentorium dostało się w ręce Landesversicherungsanstalt (Krajowy Zakład Ubezpieczeń), która przekazała go NSDAP. Początkowo znajdowała się tu siedziba Hitlerjugend. Przebywało w niej około 190 młodych Niemców od 14. do 18. roku życia. W 1943 roku obiekt przekształcono na Zakład Gruźlicy Kostno-Stawowej dla niemieckich dzieci. Stan taki utrzymał się aż do końca wojny.
Armia Czerwona wkroczyła do Kiekrza na przełomie stycznia i lutego 1945 roku. Dowódca oddziału radzieckiego stacjonował przez krótki czas w dotychczasowym Zakładzie Gruźlicy. W lutym 1945 roku Miejski Komitet Opieki Społecznej w Poznaniu przemianował przedwojenne prewentorium na sierociniec. Przebywała w nim około 40 polskich dzieci, które podczas wojny zagubiły swoich rodziców.