Wówczas podjął próbę rozmowy na temat planowanego projektu z Jerzym Bossakiem, ówczesnym kierownikiem Zespołu Filmowego „Kamera”. Pierwowzorem adaptacji Has uczynił tytułowe opowiadanie Sanatorium Pod Klepsydrą, a także wątki opowieści i opowiadań: Wiosna, Ptaki, Noc wielkiego sezonu, Księga, Genialna epoka i Mój ojciec wstępuje do strażaków. Jednak pod koniec 1968 roku kierownictwo partyjne zdecydowało się rozwiązać wszystkie zespoły filmowe, w tym także „Kamerę”. Dopiero w 1972 roku, kiedy przywrócono struktury zespołów filmowych, Has mógł podjąć się realizacji autorskiego projektu. Dzięki pomocy Zespołu Filmowego „Silesia”, kierowanego przez Kazimierza Kutza, jeszcze w 1972 roku ruszyły prace nad filmem.
Reżyser nie miał na celu dokładnego odtworzenia treści opowiadań Schulza, a raczej „uchwycenie i odfotografowanie tego, co określamy mianem poetyki utworu: jego niepowtarzalnego, zamkniętego świata, jego klimatu, barwy i kształtu”. Wystawne scenografie do dzieła Hasa opracowali Jerzy Skarżyński i Andrzej Płocki, a odpowiedzialny za zdjęcia Witold Sobociński opracował metodę rejestracji obrazu od perforacji do perforacji (bez miejsca na ścieżkę dźwiękową). Znakiem rozpoznawczym zdjęć Sobocińskiego stało się filmowanie bohaterów z dołu, z użyciem obiektywu szerokokątnego.