We wspomnieniach funkcjonariuszy ŻSP opisywany jest obraz tworzonej przez Szeryńskiego „koterii pułkownikowskiej”, kierownik ŻSP miał „za pokorę i posłuszeństwo płacić awansami, rozmaitymi przywilejami i udziałami w dochodach”, a „opornych, krnąbrnych i krytycznych gnębił z zaciekłością bezprzykładną”.
thumb|Józef Szeryński (stojący tyłem) odbiera meldunek Jakuba Lejkina, maj 1941
W listopadzie 1941 odmówił wykonania wydanego przez Niemców rozkazu rozstrzelania przez ŻSP Żydów przetrzymywanych w Gęsiówce (zostali oni rozstrzelani przez funkcjonariuszy polskiej policji granatowej), w przypadku zmuszenia ŻSP do rozstrzelania więźniów miał nawet zagrozić samobójstwem. Według niektórych relacji dopiero podczas wielkiej akcji likwidacyjnej całkowicie podporządkował się Niemcom.
Lata 1942–1943 1 maja 1942 roku został aresztowany przez Niemców i osadzony najpierw w areszcie przy ul. Daniłowiczowskiej, a potem na Pawiaku. Oficjalną przyczyną aresztowania Szeryńskiego był donos złożony przez jednego z Żydów, według którego Szeryński ukrywał u jednego z polskich oficerów futra należące do jego żony. Wraz z Szeryńskim aresztowano wówczas także polskiego policjanta, zwolniono go jednak po 11 dniach.