Szeryński został zwolniony z aresztu na początku wielkiej akcji likwidacyjnej w getcie warszawskim i prawdopodobnie już jej pierwszego dnia powrócił na stanowisko kierownika ŻSP. Nie odzyskał jednak swojej dawnej pozycji, a władzę w ŻSP i getcie dzielił z kierownikiem technicznym, Lejkinem, oraz kierownikiem Umschlagplatzu, Mieczysławem Szmerlingiem. Po samobójczej śmierci Adama Czerniakowa i objęciu stanowiska przewodniczącego Judenratu przez Marka Lichtenbauma rzeczywistą władzę w getcie sprawowała trójka kierowników ŻSP. Zastępcą Szeryńskiego na rozkaz Gestapo mianowany został Józef Ehrlich.
Szeryński był obiektem zamachu dokonanego 20 sierpnia 1942 przez byłego policjanta, Izraela Kanała. Zamach miał miejsce w mieszkaniu Szeryńskiego. W wyniku zamachu Szeryński został ranny, jednak po kilku dniach rekonwalescencji powrócił do pracy. Przeżył jednak załamanie psychiczne i nie odgrywał już podczas deportacji ważniejszej roli, praktycznie przestał pełnić funkcję kierownika ŻSP. Zamach został przyjęty entuzjastycznie przez wielu mieszkańców getta, z entuzjazmem wypowiadał się na jego temat m.in. Jehoszua Perle, wyrażając również niezadowolenie, że Szeryński przeżył. Postrzelenie Szeryńskiego było pierwszą akcją zbrojną podziemia żydowskiego w getcie. W nocy z 5 na 6 września 1942 roku, gdy Niemcy likwidowali tzw.