Przez kilka miesięcy, do czasu zagojenia ran i odrośnięcia włosów, ukrywał się w Warszawie, a następnie od maja 1943 zamieszkał w Prawiednikach k. Lublina. Po wyrobieniu nowych dokumentów na nazwisko Henryka Nowackiego powierzono mu pracę na terenie Lubelskiej Chorągwi Harcerzy (kryptonim Ul „Zboże”). Od 29 sierpnia do 6 grudnia 1943, do czasu ponownego, przypadkowego aresztowania, był dowódcą GS Lubelskiej Chorągwi Harcerzy (pod pseudonimami „Burłaj” i „Wielisz”) i zastępczo pełnił obowiązki komendanta Chorągwi, reprezentując ją wobec dowództwa Lubelskiego Okręgu AK. Po aresztowaniu był badany w siedzibie gestapo na Zamku w Lublinie, a następnie osadzony w obozie koncentracyjnym na Majdanku. Potem przebywał w obozach Auschwitz-Birkenau (nr 182987), Mittelbau-Dora i Bergen-Belsen. Uwolniony przez wojska kanadyjskie w maju 1945 w stanie skrajnego wyczerpania, po kilku kolejnych „marszach śmierci”.