Klimat Miasto leży w Karpackim regionie klimatycznym. Średnia roczna temperatura powietrza w wieloleciu 1971–2000 wynosiła . Najcieplejszym miesiącem był lipiec, w którym temperatura w omawianym okresie wynosiła , natomiast w najzimniejszym miesiącu – styczniu – temperatura średnio nie przekraczała . Suma rocznych opadów w wieloleciu 1971–2000 wynosiła ok. 750 mm.
Hydrografia Obszar Wadowic jest położony w zlewni Skawy. Na terenie miasta uchodzi do niej Choczenka (zachodnia część miasta), Dąbrówka (południowa część) oraz Kleczanka (wschodnia część miasta). Część północną miasta odwadnia ciek zasilający stawy hodowlane, mający początek na jazie na Choczence przy ul. Batorego. Sieć rzeczna Wadowic zmieniała się wraz z rozwojem młynarstwa wodnego i jeszcze na początku XX w. funkcjonowało w mieście kilka młynówek łączących naturalne cieki. Wraz z upadkiem młynarstwa koryta te były zasypywane lub włączane w obręb sieci kanalizacyjnej i melioracyjnej. W północnej części Wadowic znajduje się kompleks stawów hodowlanych.
Ochrona środowiska Według raportu Światowej Organizacji Zdrowia w 2016 roku Wadowice zostały sklasyfikowane jako dwudzieste najbardziej zanieczyszczone miasto Unii Europejskiej.