II wojna światowa W wyniku bombardowań Warszawy we wrześniu 1939 r. poważnemu zniszczeniu uległa pracownia Karnego przy ul. Wspólnej 67/68. Spłonął jej przeszklony dach i zgromadzone dzieła artysty. Po prowizorycznym remoncie miejsce to stało się siedzibą tajnego uniwersytetu i punktem kontaktowym ruchu oporu.
W 1943 roku Alfons Karny pomagał ukrywającym się Żydom: Leonowi Arnoldowi i jego synowi Henrykowi, m.in. udzielając im schronienia w swojej pracowniList Leona Arnolda do Alfonsa Karnego z 1987, w zbiorach Muzeum Rzeźby Alfonsa Karnego w Białymstoku, sygn. MAK/dep/523..
Alfons Karny był kurierem w strukturach Armii Krajowej i sanitariuszem w trakcie Powstania Warszawskiego. W sierpniu 1944 r. w wyniku pożaru wznieconego przez Niemców została doszczętnie zniszczona kamienica, gdzie znajdowała się pracownia artysty. Karny stracił swój artystyczny dorobek, w tym dwie bezcenne dla niego rzeźby: "Portret siostry" nagrodzony złotym medalem na wystawie w Brukseli w 1935 r. oraz "Portret Rity", która była wielką miłością jego życia.
Lata powojenne i schyłek życia