Okres zamącenia po wstrząsie elektrycznym, czas jego trwania a typ konstytucjonalny i rasowy, promotor prof. Eugeniusz Brzezicki). W 1952 uzyskał specjalizację drugiego stopnia z psychiatrii. Rozprawa habilitacyjna pt. Odruch orientacyjny w otępieniu organicznym przyniosła mu stanowisko docenta nadane 13 maja 1960 przez Radę Wydziału Lekarskiego AM w Krakowie, które zostało zatwierdzone 19 stycznia 1962. Od 1 października 1969 pełnił obowiązki kierownika Katedry i Kliniki Psychiatrycznej AM w Krakowie. Profesorem nadzwyczajnym został mianowany 15 marca 1972, gdy był już bardzo schorowany na szpiczaka mnogiego. Na krótko przed śmiercią w 1972 został mianowany profesorem tej katedry. Jego uczniem był Zdzisław Jan Ryn, jeden z najwytrwalszych kustoszów spuścizny i propagatorów myśli Kępińskiego.
Antoni Kępiński zajmował się również problematyką medyczną, psychologiczną i socjologiczną czasu wojny i okupacji, szczególnie sytuacją więźniów obozów koncentacyjnych. Opisał syndrom KZ (zespół obozu koncentracyjnego). W 1950 wraz z Mieczysławem Choynowskim zorganizował Pracownię Psychologiczną w Szpitalu Klinicznym w Kobierzynie. Była to pierwsza tego typu (w warunkach szpitalnych) pracownia w Polsce.