Prace górnicze w sztolni przerwano około 1425 roku, gdy najazd Husytów na Śląsk spowodował upadek górnictwa w całym Państwie Homolskim. W 1594 roku pojawia się informacja o istnieniu sztolni, w której prowadzono eksploatację rudy żelaza. W późniejszym okresie wydobywano z wyrobisk jaskini surowiec na potrzeby pobliskiego wapiennika. Pod koniec XVII wieku prace górnicze w sztolni prowadzili Włosi, względnie Wenecjanie lub Walończycy, po czym sztolnia została porzucona i całkowicie zapomniana. Najstarsza wzmianka o penetracji sztolni pochodzi z 1692 r. i znajduje się w księdze miejskiej Dusznik.
Kolejna udokumentowana piśmiennie penetracja "Złotej Sztolni" pochodzi 1770 roku – prowadził ją pruski urzędnik oświatowy Zeplichal. Wiek XIX wiek stał się okresem znacznie większego zainteresowania sztolnią. W 1800 roku, na polecenie starosty von Reibnitza, poszerzono jej otwór wejściowy, co pozwoliło ją zwiedzić dusznickiemu burmistrzowi Fritschowi oraz dr. Blottnerowi. Od roku 1841 "Złota Sztolnia" została udostępniona do zwiedzania. W roku 1872 starania Komitetu Przyjaciół Przyrody Ziemi Kłodzkiej doprowadziły do przełożenia strumienia "Złotego Potoczku" wpadającego do otworu wejściowego. Dzięki temu szczegółowe badania sztolni przeprowadzili profesorowie Uniwersytetu Wrocławskiego H.R. Göppert oraz G. Gürich.