Dopiero film z 1961 r. Wieprze i okręty pozwolił reżyserowi na pełnię artystycznej ekspresji. Zszokowani producenci odsunęli Imamurę na dwa lata od projektów filmowych, reżyser spotkał się również z zarzutem grania na antyamerykańskich resentymentach. Następne filmy Imamury, Kobieta owad (1963) i Nieczyste pożądanie (1964), dowiodły jednak konsekwencji artystycznej drogi tokijskiego reżysera. Te trzy filmy umocniły pozycję Imamury w środowisku filmowym i zapewniły mu opinię jednego z czołowych przedstawicieli japońskiej Nowej Fali.
Aby zapewnić sobie jeszcze większe pole artystycznego wyrazu, Imamura założył w 1965 r. własną wytwórnię filmową – Imamura Productions. Pierwszą jej produkcją była adaptacja powieści Akiyuki Nosakiego pt. Pornograf (1966). Następnym posunięciem Imamury było nakręcenie dokumentu Zniknął człowiek (1967).
Głębokie pożądanie bogów (1968) było jednym z najambitniejszych i najkosztowniejszych przedsięwzięć reżysera. Opowiedział on w nim o starciu tradycji i nowoczesności w realiach położonej na południu Japonii wyspy. Niestety, artystyczny sukces w tym przypadku nie znalazł odbicia w przychodach z dystrybucji, w związku z czym przez kolejnych kilka lat Imamura zmuszony był poważnie ograniczyć budżet swoich produkcji.