Wrócił do Polski około 1558 roku. Wspierany przez swojego protektora Stanisława Mateusza Stadnickiego, który rozpoczął odprawianie nabożeństw protestanckich w dubieckiej parafii, założył tam gminę kalwińską oraz w 1559 szkołę, w której wykładał. Zaprosił do pracy w niej swojego zwolennika – Grzegorza Orszaka, którego znał z wcześniejszej współpracy w szkole pińczowskiej. Do szkoły uczęszczało wielu przedstawicieli szlachty przemyskiej i małopolskiej.
Głoszone przez Stankara poglądy odbiegały również od poglądów kalwińskich. Głosił, iż Chrystus jest pośrednikiem między człowiekiem a Bogiem tylko w naturze ludzkiej, natomiast w naturze boskiej jest równy Bogu. Został potępiony na protestanckich synodach w Pińczowie w latach 1555 i 1559 i w Książu w 1560 roku (tam również go wyklęto).
W 1562 roku Franciszek Stankar opuścił Dubiecko i udał się do Rzochowa, wsi w Sandomierskiem, należącej do dóbr swojego opiekuna – Stanisława Stadnickiego, który był jego żarliwym obrońcą do tego stopnia, że szukał dla niego poparcia (bezskutecznie) u samego Kalwina. Stawał również w obronie Stankara na synodach protestanckich w Krakowie w grudniu 1561 roku, w Rogowie i Balicach w 1562.