W okresie pracy na WPiA szczecińskiej uczelni pełnił również funkcję prodziekana (1990–1993) oraz członka Senatu.
Na obu uniwersytetach doszedł do stanowiska profesora zwyczajnego.
Członkostwo w komitetach naukowych
Od 1993 r. przez pięć kadencji był członkiem Komitetu Nauk Prawnych Polskiej Akademii Nauk, przy czym w latach (1996–2000) pełnił funkcję wiceprzewodniczącego tego komitetu. Z upoważnienia KNP PAN opracował i przedstawił diagnozę nauk prawnych (w 2000 r. – „Uwagi o stanie nauk prawnych”, a w 2004 r. – „Raport o stanie nauk prawnych”). Od 1997 r. był członkiem Rady Języka Polskiego przy Prezydium PAN, pełniąc od 2003 r. funkcję członka prezydium Rady, a także jej wiceprzewodniczącego wiceprzewodniczącym (2011–2018). M. Zieliński był inicjatorem utworzenia w strukturze RJP Komisji Języka Prawnego (obecnie Zespołu Języka Prawnego), integrującego prawników i językoznawców badających język prawny i języki okołoprawne, którym kierował do 2018 r.
Legislacja