1998–2001: Genius 2000 i Break the Rules thumb|left|Komuro, Yoshirō Mori i Amuro w Kancelarii Premiera, 11 lipca 2000 W 1998 roku, po urodzeniu syna (Haruto), Amuro powróciła do show-biznesu i wydała singel I Have Never Seen. 17 marca 1999 roku wypuściła kolejny singel Respect the Power of Love. W tym samym dniu otrzymała wiadomość o śmierci swojej matki, Amuro przestała promować singel i wróciła na Okinawę, aby zidentyfikować jej ciało. Matka Amuro, Emiko Taira, została zamordowana przez swojego szwagra.
Respect the Power of Love osiągnął 43. miejsce na liście najlepiej sprzedających się singli w 1999 roku. W lipcu tego samego roku Amuro wydała singel Toi et Moi, a we wrześniu Something ’bout the Kiss. Następnie na początku 2000 roku wydała pierwszy po dłuższej przerwie album Genius 2000, skomponowany przez Tetsuyę Komuro, który połączył siły z amerykańskim producentem Hip-Pop/R&B Dallasem Austinem. thumb|Amuro wraz z innymi wykonująca piosenkę „NEVER END” na przyjęciu powitalnym szczytu G8, 22 lipca 2000