Na tym wielkim zgromadzeniu prałatów i przywódców Kościoła, sprawa Atanazego została ponownie podjęta, w związku z czym biskup został formalnie przesłuchany w sprawie występków, a nawet morderstwa (w Egipcie zaginął biskup o imieniu Arseniusz; Atanazy został obwiniony za jego śmierć, a oskarżyciele – w ramach dowodu – rzekomo okazali nawet odciętą rękę Arseniusza).
Sobór został zwołany w celu zbadania zarzutów postawionych Atanazemu i innym biskupom, z powodu których zostali oni usunięci ze swoich biskupstw przez pół-ariański synod w Antiochii w 341 roku i udali się na wygnanie. Biskupi Euzebiusza sprzeciwiali się dopuszczeniu Atanazego i innych zdetronizowanych duchownych do soboru, z wyjątkiem osób oskarżonych, aby odnieśli się do postawionych im zarzutów. Ich obiekcje zostały odrzucone przez ortodoksyjnych biskupów. Euzebijczycy, widząc, że nie mają szans na poparcie swoich poglądów, wycofali się do Filippolis w Tracji, gdzie zwołali sobór opozycyjny pod przewodnictwem patriarchy Antiochii i zatwierdzili dekrety Synodów w AntiochiiT. Gilmartin, Manual of Church History, Vol. 1. Ch XVII, 1890.zob. str. 233–234.