Mimo popularności wśród mieszkańców oraz turystów, dochody EKD nie pokrywały wydatków – nowa sytuacja polityczno-gospodarcza sprawiła, że zaistniało ryzyko zawieszenia działalności ełckiej wąskotorówki, mimo wpisania jej na listę zabytków.
Okres współczesny W 2001 PKP podjęła decyzję o likwidacji linii – rok później przejął ją Urząd Miasta w Ełku i przekazał Miejskiemu Ośrodkowi Sportu i Rekreacji jako Ełcką Kolej Wąskotorową. W historii EKW rozpoczął się nowy etap. Obecnie pociągi kursują na trasie Ełk Wąskotorowy – Sypitki. Od 1 marca 2014 r. Ełcką Koleją Wąskotorową zarządza Muzeum Historyczne w Ełku.
W roku 2016 przewieziono 18 605 osób, w 2017 było to 22 768 osób, a w roku 2018 – 21 628 osób. Do końca 2019 roku przewieziono 13 140 osób, zaś w roku 2020 przewieziono 6726 osób.
Stacja Ełk Wąskotorowy i muzeum
Na ulicy Wąski Tor 1 w Ełku znajduje się osobna stacja kolei wąskotorowej – Ełk Wąskotorowy, położona w pobliżu głównej stacji kolei normalnotorowych.