Wrogowie jezuitów na Zachodzie doprowadzili jednak do ograniczeń w doktrynie akomodacji (a ostatecznie do kasaty zakonu w XVIII w.), w Indiach natomiast chrześcijanie zaczęli być prześladowani przez władców hinduistycznych i muzułmańskich, co doprowadziło do znacznego ograniczenia ich liczby. Niechęć Hindusów do chrześcijan podsycał fakt, że konwertytami byli często pariasi i reprezentanci niskich dźati dążący do podniesienia w ten sposób swojego statusu społecznego, niektóre działania Portugalczyków oraz niechęć do europejskich obyczajów (zwłaszcza spożywania alkoholu i mięsa). Anglikanie podczas rządów brytyjskich nie podjęli większych wysiłków w celu nawrócenia Hindusów na chrześcijaństwo, a kiedy je podejmowali, starali się, inaczej niż katolicy, europeizować ich, nie odnieśli więc większych sukcesów. Niechęć Hindusów i chrześcijan podsycał fakt, że indyjscy chrześcijanie odnieśli się w XIX w. z dystansem lub wrogo do indyjskiego ruchu niepodległościowego. Do dziś istnieją fundamentalistyczne grupy hinduskie (jak Hindu Mahasabha) odnoszące się do chrześcijan bardzo wrogo, przede wszystkim na tle obaw przed europeizacją Indii.