Katarzyny przekształcono w szpital, gdzie pracowały siostry miłosierdzia.
XIX wiek Po 1808 roku nastąpiła rozbudowa cerkwi .
W 1811 roku Stanisław Zamoyski założył w Szczebrzeszynie Szkołę Wojewódzką, dla której wzniósł okazałe gmachy. W 1812 roku konwent franciszkański uległ kasacie, klasztor przy kościele Św. Trójcy przekazano szarytkom i urządzono w nim szpital. W roku 1815 populacja żydowska liczyła 31% ludności miasta (1083 osoby), w 1827 roku 38% (1605 osób), a w 1897 roku 42% (2644 osoby).
1 lutego 1833 roku urodziła się babka Isaaka Bashevisa Singera, pisarza, laureata Nagrody Nobla – Tema Blima Szejner. W roku 1840 nastąpiła rozpoczęto budowę ratusza z wykorzystaniem materiału budowlanego uzyskanego z rozbiórki Bramy Zamojskiej. Ratusz postawiono w miejscu starego, zniszczonego, który był siedzibą władz miejskich, oraz spełniał rolę poczty i powozowni.
W roku 1875 na skutek likwidacji unickiej diecezji chełmskiej cerkiew unicka została zmieniona na świątynię prawosławną.
W 1883 roku kościół Świętej Trójcy zamieniony został na cerkiew prawosławną, usunięto siostry szarytki, a na ich miejsce sprowadzono prawosławne mniszki.