W nocy z 2 na 3 maja, po zranieniu Jacksona i generała Ambrose’a P. Hilla, Stuart objął dowództwo II Korpusu. Mimo braku doświadczenia w dowodzeniu piechotą (był z wykształcenia kawalerzystą), zdołał przygotować podległe mu dywizje do kontynuowania natarcia. W ciągu dnia z determinacją prowadził je do kolejnych ataków na silne pozycje Jankesów. Podtrzymywał przy tym morale podkomendnych swoją częstą obecnością na pierwszej linii i odważną postawą w obliczu wroga. Ostatecznie bitwa zakończyła się zwycięstwem konfederatów.
Kampania w lecie 1863, jak się okazało, nie była dla Stuarta tak pomyślna. Na początku czerwca jego kawaleria osłaniała piechotę Armii Północnej Wirginii, maszerującą do doliny Shenandoah. 8 czerwca doszło do starcia z federalną jazdą pod Fleetwood. Tego samego dnia generał major zorganizował rewię kawaleryjską pod Brandy Station. W obecności licznych widzów poprowadził szarżę na baterię armat, strzelających ślepą amunicją, wzbudzając poklask obecnych. Jednak o świcie następnego dnia na obozowisko zmęczonych i niczego nie spodziewających się konfederatów, uderzył Korpus Kawalerii Armii Potomaku pod dowództwem generała Alfreda Pleasontona (notabene kolegi Stuarta z West Point).