Skrajnie konserwatywny, nacjonalistyczny Związek Narodu Rosyjskiego i inne organizacje o podobnym profilu, znane jako Czarna Sotnia, razem z Ochraną zrzuciły winę za rewolucję na „międzynarodowy spisek żydowski” i rozpoczęły program szerokiego rozpowszechniania Protokołów jako propagandowego wsparcia dla fali pogromów, które przetoczyły się przez Rosję w latach 1903–1906.
Każde z wydań i ich autorzy przedstawiali odmienne i sprzeczne ze sobą wersje tego, jak zostały zdobyte „dokumenty z tajnej narady mędrców żydowskich”. Sam Nilus przedstawiał różne wersje tego, jak zdobył tekst Protokołów. Początkowo utrzymywał, że „zdobył tekst w 1901 roku i trzymał go w tajemnicy”, a Protokoły są „zapisem Pierwszego Kongresu Syjonistycznego w szwajcarskiej Bazylei”, który miał miejsce w 1897 roku. Gdy zauważono, że kongres był otwarty dla publiczności i uczestniczyło w nim wielu nie-Żydów, zaczął twierdzić, że Protokoły „były wynikiem spotkań mędrców Syjonu w latach 1902–1903”, było to jednak w sprzeczności z jego wcześniejszym twierdzeniem, że zdobył manuskrypt w 1901 roku. Poza tym tekst został już opublikowany wcześniej w 1903 roku na łamach pisma „Znamya”, a tekst Nilusa był kopią poprzedniego wydania.