W 1764 Haller ponownie wrócił do konserwatywnego Berna, gdzie dziewięciokrotnie bez sukcesu ubiegał się o mandat w tzw. Małej Radzie. Dopiero w 1769, gdy po raz kolejny otrzymał zaproszenie do wyjazdu do Getyngi i objęcia tam urzędu kanclerza uniwersytetu, Berno w wyjątkowym trybie mianowało go dożywotnim assesorem sanitarnym z roczną pensją 400 koron.
Poglądy polityczne Von Haller reprezentował typowo konserwatywne poglądy polityczne i społeczne, do pewnego stopnia zbieżne z tymi jakie głosił Justus Möser. Von Haller uważał radykalne poglądy filozofów oświecenia za „czyste zło”. Krytykował ich bezkrytyczną wiarę w rozumowe możliwości ludzkie. Jego bratankiem był konserwatywny myśliciel polityczny Karl Ludwig von Haller (ur. 1768), który kontynuował idee wuja.