Haller po raz pierwszy objął tu terminem fizjologii całokształt czynności zdrowego organizmu ludzkiego, wprowadzając szereg nowych pojęć, m.in. drażliwość (irritabilitas) i czułość (sensibilitas). Drażliwość jego zdaniem jest specyficzna dla mięśni, a czułość dla nerwów. Jako pierwszy wprowadził także takie pojęcia medyczne jak nadpobudliwość i nadwrażliwość.
W uznaniu swej wiedzy medycznej został mianowany doktorem honoris causa i nadwornym medykiem dworu angielskiego. Oferowano mu wielokrotnie posady na różnych europejskich uczelniach, m.in. w Utrechcie i Oxfordzie, jednak żadnej z nich nie przyjął. W 1747 objął kierowanie wydawaniem „Göttingischen Zeitungen von gelehrten Sachen” i ponownie odrzucił zaproszenie z zagranicy, tym razem z Berlina. 23 kwietnia 1749 uzyskał szlachectwo, nadane mu przez cesarza Franciszka I.
W 1753 objął stanowisko Rathausammana we władzach Berna, co pozwoliło mu powrócić do tego miasta wraz z rodziną – jednak tylko na cztery lata. Później (w latach 1758–1762) zarządzał salinami w Roche w dystrykcie L’Aigle, a następnie, do 1763 pełnił obowiązki wicegubernatora L’Aigle (obecnie w kantonie Vaud).