Ali-tegin został pokonany i uciekł w stepy, jednak później udało mu się odzyskać swoją dawną pozycję w zachodnim kaganacie. Od początku XI wieku coraz istotniejszą rolę wśród Karachanidów odgrywał podział na dwie linie wywodzące się od dwóch wnuków Satuka Bughra-chana, wspomnianego już Hasana oraz Alego (zm. 998). We współczesnej historiografii przyjęło się nazywanie ich Hasanidami oraz Alidami. Synów Ali-tegina, którzy należeli do Hasanidów, wyparł z Mawarannahru należący do Alidów Böri-tegin, bardziej znany pod swoim późniejszym tytułem Ibrahim Tamgacz-chan (ok. 1040–1069). W rezultacie jednak ok. 1040 władztwo Karachanidów definitywnie rozpadło się na dwa niezależne państwa, kaganat wschodni i zachodni, przy czym pierwszym z nich rządzili Hasanidzi, zaś drugim Alidzi. Często naruszaną granicę pomiędzy kaganatami stanowiła Syr-daria, zaś Fergana często przechodziła z rąk do rąk.