W 1920 wrócił do Gniezna, gdzie w 1921 został proboszczem początkowo w parafii św. Wawrzyńca, a następnie św. Trójcy i dziekanem dekanatu gnieźnieńskiego oraz sędzią prosynodalnym. Wydawał „Wiadomości Parafialne”. Politycznie związany był z endecją, reprezentował ją w radzie miejskiej. We wrześniu 1939 po opuszczeniu miasta przez polskie władze objął dowództwo straży obywatelskiej i był komendantem obrony miasta przed wojskami niemieckimi. Polecił emisję zastępczych bonów pieniężnych, utworzył izbę chorych oraz sieć punktów PCK.
Tuż po wybuchu II wojny światowej na początku września wobec pozbawienia Gniezna ochrony ze strony Policji Państwowej ks. Zabłocki miał rztekomo stanąć na czele milicji obywatelskiej. Chcąc uniknąć zniszczeń bezcennych gnieźnieńskich zabytków kultury polskiej oraz ofiar w ludności cywilnej, w godzinach południowych 10 września wyjechał z kierowcą samochodem w kierunku Wrześni, aby z dowództwem zbliżających się jednostek niemieckich omówić oddanie Gniezna. Mimo że na samochodzie umieszczono białą flagę, na wysokości Żydowa Niemcy obrzucili go granatami. Ksiądz Zabłocki odniósł ciężką ranę lewego przedramienia. Umieszczono go w szpitalu w Gnieźnie, gdzie leczył go niemiecki lekarz Andersch. W szpitalu przesłuchiwali go gestapowcy, obchodząc się z nim bardzo brutalnie.