Wprawdzie dr Andersch zabiegał o to, aby księdza zatrzymać w szpitalu pod pozorem złego stanu zdrowia, ale wysiłki te spełzły na niczym, gdyż w nocy z 12 na 13 października dziekan gnieźnieński został aresztowany i osadzony w więzieniu w Inowrocławiu. Za udział w powstaniu wielkopolskim i zorganizowanie oporu przeciwko wojskom hitlerowskim, księdza, wyrokiem sądu doraźnego (Sondergericht), dwukrotnie skazano na śmierć przez rozstrzelanie. Zginął z okrzykiem „Niech żyje Polska”. Wyrok został ogłoszony afiszami 14 października 1939. W 1945 ekshumowane zwłoki przeniesiono na cmentarz św. Piotra i Pawła w Gnieźnie.
Upamiętnienie Mateusz Zabłocki jest patronem jednej z gnieźnieńskich ulic, a w farze gnieźnieńskiej znajduje się tablica poświęcona jego osobie.
13 października 2003 w kościele farnym w Gnieźnie obyły się uroczystości związane z poświęceniem sztandaru Szkoły Podstawowej nr 2 i nadaniem jej imienia ks. mjr. Mateusza Zabłockiego.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 46 – 30 czerwca 1921 Krzyż Niepodległości – 18 października 1932 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” Złoty Krzyż Zasługi – 22 grudnia 1928M.P. z 1928 r. nr 296, poz.